在这个过程中，塔利班就出现了分裂，留在阿富汗境内的塔利班依然追求夺取政权，而留在巴基斯坦发展的塔利班则与基地组织合作并逐渐发展为恐怖组织。随着时间推移，阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班在理念和路线上都不断分化，双方彼此依然有来往，但不再是一个组织。
塔利班与巴基斯坦政府结怨是因为巴基斯坦帮助美国推翻了塔利班政权。其实，当时巴基斯坦也只有配合，如果不配合，美国会连巴基斯坦与阿富汗一起打。更何况，中国当时也支持美国在阿富汗反恐，所以巴基斯坦没有选择，只能配合美国。如此一来，巴基斯坦与塔利班之间既有合作，也有仇怨，尤其是后来巴基斯坦塔利班总是制造恐怖事件，这更让巴基斯坦非常不满。
美军撤离后，巴基斯坦与阿富汗塔利班的关系既有紧密合作的一面，也有分期隔阂的一面，双方在巴基斯坦塔利班问题上存在明显分歧，这就使得双方在边境时不时就会爆发冲突。虽然冲突规模都非常小，但至少表明双方关系并不好。
由于阿富汗塔利班与巴基斯坦塔利班的渊源，阿富汗塔利班军队对巴基斯坦塔利班经常是睁一只眼闭一只眼，当巴基斯坦军队反恐到了边境的时候，阿富汗塔利班军队往往放过巴塔武装人员，尔后阻止巴基斯坦军队的前进，所以双方很容易冲突。不过，过去较长时间里，双方已经不怎么交火了，因为在中国组织下，已经有了中巴阿三方反恐平台，三方已经开始合作反恐。
正是基于这样的原因，这次巴基斯军队与阿富汗塔利班军队之间恶交火就显得非同寻常。
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