此外,随着一些阿拉伯人在当地娶妻生子,索马里和阿拉伯的民间联系也变得极为紧密,以至于到了13世纪后,索马里的民间口头传说已经自称“索马里人的祖先是阿拉伯贵族或先知家族的后裔”,可以说彻底抛弃了自己原来的祖宗。
索马里至此成为了深受阿拉伯帝国影响的势力范围,而地处红海边的摩加迪沙港口也发展成阿拉伯在东非的重要商业据点,早在1331年时,阿拉伯旅行家伊本?巴图塔就记载摩加迪沙是“一座富丽繁华的城市,所有的居民因为经商变得富有,那里每天屠宰贩卖的骆驼就达到上千头”。
另外根据其他国家史料佐证,摩加迪沙除了阿拉伯商人外,还有来自中国、波斯、印度、腓尼基的商人。
此外,摩加迪沙当出产的优质布匹畅销埃及、阿拉伯半岛。贸易的繁荣也让摩加迪沙成为东非伊斯兰教的传播中心,穆斯林势力也以此为基础开始了文化+武力的扩张,到15世纪时,当地先后建立多个苏丹国,并且开始和信奉基督教的埃塞俄比亚以及其他宗教的国家发生战争,这也是日后索马里和埃塞之间敌对的根源。
不过,这些大大小小的苏丹国虽然和阿拉伯帝国有着极深的商业、文化、宗教联系,但却始终都保持独立,没有被纳入后者的版图,之后的波斯、奥斯曼帝国对当地内政虽有干涉,但也仅停留在藩属国的程度,直到欧洲殖民者的到来。