然而，“反恐联盟”的成立也激起了“法院联盟”的强烈反应，双方最终在2006年3月爆发全面冲突，激战到6月份，美国支持的“反恐联盟”全面溃败，摩加迪沙彻底沦于“法院联盟”之手，后者乘胜追击，到9月份已经将控制索马里中南部的大部分地区。至此，除了邦特兰和索马里兰，索马里大半统一，一度出现全面和平的可能。
但是，“法院联盟”的激进思想以及再度鼓吹“大索马里”让东非各国如坐针毡，尤其埃塞俄比亚更是反应激烈，毕竟，它不希望“欧加登战争”再度重演。
于是，在2006年底，当年的局面翻转——埃塞俄比亚宣布出兵索马里，经过数月激战，“法院联盟”被击败并失去了大半地盘，这导致“联盟”内部出现分裂，这其中，最极端的分支“青年党”迅速崛起，导致索马里动乱加剧。
同时，埃塞的出兵也导致索马里各地再度失去基本的秩序，海盗组织也正是在这个时期崛起，他们经常袭击和劫持过往亚丁湾的船只，甚至包括载有军火的商船和万吨油轮，引起联合国和世界各国的高度关注。在联合国的授权下，多国海军前往该海域巡逻护航，联合打击海盗。
其中，中国海军于2008年12月26日也派出护航编队参与了此次重大国际活动，护航活动一直持续至今。
极端的青年党势力早2009年初已经扩张到了整个索马里南部，并正式宣布效忠“基地组织”，这导致索马里内乱再度国际化。
因为埃塞俄比亚和索马里的固有仇恨，非洲联盟决定部署维和部队来代替埃塞军，以缓解索马里社会的矛盾。
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