除此之外，德国的工业大学采用“宽进严出”的办学机制，仅以中国留学生熟悉的德累斯顿工业大学（TUD）为例，部分专业有可能有三分之一的学生拿不到文凭。并且工科专业学生在就读期间需要前往企业实习，或者在企业对接的技术院所完成项目。这也对新学校的企业院所对接提出了很高的要求。
除了具有挑战性的教学制度，新学校落成后各方如何开展管理也是绕不开的问题。国内传统高校办学机制界限相对清晰，民办公办互不干扰。然而福耀科技大学由于基金会的介入，产生了“民办公助”的特殊形式：基金会主要工作是赞助办学，建设校园，学校核心事务管理权在政府手中。
这种办学制度下，学校如何生存又成了新问题：福耀科技大学具有非盈利性的定位，但是学校本身技术主导，又需要进行大量的商业化对接，技术更新也需要不少的资金。
针对这些问题，福耀科技大学的解决方案是，在党委领导下，在学校实行董事会/理事会负责制，对学校资金进行管理。学校本身承担企业科研项目，筹集外部办学资金。新学校可以视情况考虑，与其他企业联办大学。曹德旺本人则会出任学校第一届董事会的董事长。
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