12月31日凌晨，国家卫生健康委作出安排部署，派出工作组、专家组赶赴武汉市，指导做好疫情处置工作，开展现场调查。武汉市卫生健康委在官方网站发布《关于当前我市肺炎疫情的情况通报》，发现27例病例，提示公众尽量避免到封闭、空气不流通的公众场合和人多集中地方，外出可佩戴口罩。当日起，武汉市卫生健康委依法发布疫情信息。
2020年1月1日，国家卫生健康委成立疫情应对处置领导小组。1月2日，国家卫生健康委制定《不明原因的病毒性肺炎防控“三早”方案》；中国疾控中心、中国医学科学院收到湖北省送检的第一批4例病例标本，即开展病原鉴定。
1月3日，武汉市卫生健康委在官方网站发布《关于不明原因的病毒性肺炎情况通报》，共发现44例不明原因的病毒性肺炎病例。国家卫生健康委组织中国疾控中心等4家科研单位对病例样本进行实验室平行检测，进一步开展病原鉴定。国家卫生健康委会同湖北省卫生健康委制定《不明原因的病毒性肺炎诊疗方案（试行）》等9个文件。当日起，中国有关方面定期向世界卫生组织、有关国家和地区组织以及中国港澳台地区及时主动通报疫情信息。
1月4日，中国疾控中心负责人与美国疾控中心负责人通电话，介绍疫情有关情况，双方同意就信息沟通和技术协作保持密切联系。国家卫生健康委会同湖北省卫生健康部门制定《不明原因的病毒性肺炎医疗救治工作手册》。
1月5日，武汉市卫生健康委在官方网站发布《关于不明原因的病毒性肺炎情况通报》，共发现59例不明原因的病毒性肺炎病例，根据实验室检测结果，排除流感、禽流感、腺病毒、传染性非典型性肺炎和中东呼吸综合征等呼吸道病原。中国向世界卫生组织通报疫情信息。世界卫生组织首次就中国武汉出现的不明原因肺炎病例进行通报。
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