他失望地表示：“经费分配这个问题，可以说近年丝毫没有解决。”
他之后甚至在著名杂志《科学》上，发表批评文章：“在中国，为了获得重大项目，一个公开的秘密是：做好的研究不如与某些人拉关系重要。”
“我亲眼目睹几个老院士，围着一个处长赔笑脸。”
他非常看不惯这种科研基金分配，靠关系而非学术水平高低，所以他站出来捅破了这层窗户纸：“浪费资源、腐蚀精神、阻碍创新”。
他说的话如此不合时宜，自然得罪了不少人。
2011年初，他与施一公被推荐候选中国科学院院士。他在第一轮就落选，很多人都觉得太不可思议，生物界顶级大牛王晓东说：
“无论是从学术水平、学术道德，还是对国家的科学贡献来讲，饶毅都远远超出此次进入第二轮的同学科候选人。”
施一公也说：不理解饶毅为什么会落选。
而落选原因引来众说纷纭，绝大多数人认为他平素特立独行，敢于质疑，太敢说，而得罪了不少人，导致反对票太多。
而刚直的他落选后立即发声明：“从今以后不候选中国科学院院士”。
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