网友最集中的质疑，就是高福院士在《新英格兰医学杂志》发表《新型冠状病毒感染的肺炎在中国武汉的初期传播动力学》的论文，研究表明，自2019年12月中旬以来，密切接触者之间已经发生了人际传播。
而事实上，公众是到1月20日才获取新冠肺炎会人传人的信息。针对质疑，2020年1月31日，中国疾病预防控制中心回应称，论文提出的“2019年12月份即在密切接触者中发生了人际传播”的观点，是基于425例病例流行病学调查资料做出的回顾性推论。
随着疫情的日趋严峻与复杂，高院士在网络上遭到的舆论批评越来越多。高福院士目前仍处于正常工作状态中。据媒体报道，于2月11日-12日在日内瓦举行的新型冠状病毒全球研发与创新论坛上，高福院士介绍了中国有关新冠肺炎的最新研究和进展。2月15日，高院士在回答中国科学报记者采访时介绍，他目前正接待从世界各地赶来的世卫组织专家，研讨、沟通新冠肺炎的防治工作。
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