今年2月底，中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学等发表论文，对93个新型冠状病毒样本的基因组数据分析发现，与华南海鲜市场有关联的患者样本单倍型都是H1或其衍生类型，而H3、H13和H38等更“古老”的单倍型来自华南海鲜市场之外。比如美国患者病毒样本包括了全部五个来源，包括目前最古老的H38。论文称：华南海鲜市场的新冠病毒是从其它地方传入，再在市场发生快速传播并蔓延。
但是，无论在国内国际，有一种强烈的声音称中国是新冠病毒的源头，重要的依据就是云南蝙蝠身上的冠状病毒。这个结论是由武汉病毒所石正丽发表论文得出，称新冠病毒与云南菊头蝠中存在的RaTG13冠状病毒一致性高达96%，表明其自然宿主很有可能是蝙蝠。随后，中国蝙蝠是新型冠状病毒源头的说法不胫而走。
最新石正丽公开演讲时表示，对病毒源头建议到自然宿主蝙蝠主要栖息地，如云南等地去寻找蛛丝马迹。
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