第三个生化病毒爆发事件是西尼罗河病毒爆发。1999年8月份，美国最大的城市动物园-纽约布朗克斯动物园的鸟类爆发大规模疫情，导致鸟类大面积死亡。
接着该动物园附近的纽约和长岛地区居民也开始大面积感染神秘病毒，病毒通过蚊子和鸟类在美国43个州四处蔓延，截至2003年这种病毒感染人数超过5000，致400人死亡。最终确认感染动物园鸟类和导致人类脑膜炎死亡的是同一种病毒--西尼罗河病毒。
它主要通过蚊子这种昆虫传播。疫情爆发以后，《纽约客》开始造谣说这种病毒是伊拉克生化武器的一部分，并称病毒是由外国乘客乘坐飞机通过肯尼迪国际机场带入美国境内。这种说法显然是荒唐的。
首先，1999年被感染的人中没有一个是从国外回来的，西尼罗河病毒首先爆发于乌干达地区，它与美国远隔万里，那里的蚊子有可能飘洋过海从乌干达穿越非洲飞跃大西洋进入美国东部吗？要知道人类横渡大西洋需要30天，从乌干达到美国距离更是横穿距离的两倍，寿命最高的雌性蚊子寿命也只有30天，请问不吃不喝的蚊子如何跑完这趟马拉松？
其次，包括鸟类、马匹以及人类感染者最密集地区是纽约长岛北福克地区，所有感染都集中在方圆8公里范围，而不是肯尼迪国际机场，北福克正对面就是普拉姆岛生化实验室，这里距离普拉姆岛生化实验室不足35公里，所以普拉姆岛才是西尼罗河病毒爆发的真正源点。
那么普拉姆岛生化实验室在1999年的时候有没有西尼罗河病毒呢？截至1995年，耶鲁大学虫媒病毒学家罗伯特·肖普就已经掌握了27种西尼罗河病毒，耶鲁大学虫媒病毒又经常与普拉姆岛交换病毒样本，而罗伯特·肖普的父亲理查德·肖普是纳粹生化武器专家特劳布的恩师，特劳布又是普拉姆岛创始人之一。
同时，拥有27种西尼罗河病毒的耶鲁大学虫媒病毒研究所又正好坐落在普拉姆岛对面，在长岛海峡的另一端，爆发病毒的北福克地区正好是蚊子和鸟类从普拉姆岛到达大陆的第一理想休息地，之后这些蚊子和鸟类会一路向东，这才导致病毒从北福克地区向东传播进纽约州以及美国中西部地区。
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