或许因为这些陆续到达的信息都很不妙而且都并不正规和权威，武汉方面终于在12月30日将样本送至近在咫尺、拥有国内最先进的P4实验室的中国科学院武汉病毒所并向对所有被委托方一样，要求对方严格保密。直到这时，中国疾控中心及其下属的病毒研究所还毫不知情，国家卫健委也完全被蒙在鼓里。
12月31日，靠下属单位的个别领导从网上发现信息，国家卫健委的工作组和专家组同日陆续抵达武汉后，1月1日，一方面由湖北省和武汉市卫建委的官员分别紧急通知测试样本的几家单位，特别是其中没有资质的民营科技企业，通知要求对方立即停止工作和销毁样本。
另一方面，于当日首次将样本送交中国疾控中心。中国疾控中心在国家卫健委的领导下，立即牵头协调更早拿到样本、已开始工作的中国科学院、中国医学科学院三家单位共同攻关。但这比起武汉方面最初送出样本，已经晚了近10天，延误了国家整体协调并安全可靠的对对样本的检测、剖析工作。
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