袭击事件后，美国开始构建生物预警和事件类别确认系统(Biological Warning and Incident Characterization System)。用时任总统小布什的话来说，这是生物方面的“早期预警网络”。(美国国会研究所， 2003)
该系统的工作主要分为采样、分析和反应3个部分。环保署负责采样，部署探测器收集空气中传播的分子。美国疾控中心和各州、各地方的公共卫生实验室负责对采样结果进行分析和测试。一旦发现有违法行为，由联邦调查局领导各执法部门做出反应，比如对嫌犯实施抓捕。而这一切工作又由新成立的国土安全部进行统合和领导。
这是一个组织严密，参与度很广泛的防控体系。
具体而言，美国环保署在全美各地部署有探测器，监控空气质量;负责监控致病物质的探测器正好和空气质量探测器一同部署(2003年覆盖全美31个城市)，24小时不间断监控，并上传数据到各地的分析机构。这套系统可以探测炭疽、天花、兔热病等致病细菌，不过其完整的可探测细菌名录对外保密。
2003年10月9日，德州休斯顿的探测机构连续3天发现兔热病的致病细菌。有关部门立刻开展防控措施。后来调查发现，这不是一起恐怖袭击，而是可能由自然原因导致。这说明，这套系统也可以用来监控传染病。
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