2020年1月19日，他和团队到达武汉，指出武汉肺炎是新型冠状病毒感染，而且已经发生人传人，各级政府随后启动一级响应。
但即便如此，无论是非典型肺炎，还是新型肺炎，在钟南山做出判断的时候，都已经大规模爆发。现在大家都认为，疫情扩散如此之迅猛，首要原因是地方政府瞒报造成的，非典时期北京市市长还因此引咎辞职。这次新型冠状病毒大爆发，群众也认为是武汉市政府没有及时披露相关信息，强烈要求武汉市长下课。
但从武汉市长周先旺的说法来看，武汉市政府这次是因为内部运作不够及时，出现了延误。而这个延误，最终是钟南山到武汉后才被纠正。
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