1986年，毕业获得硕士学位，之后留校任教，先后担任北京农业大学助教、讲师（至1991年）。
1991年，前往英国牛津大学攻读生物化学博士，师从David H L Bishop、Ernest A Gould。
1994年，毕业获得博士（DPhil-Oxon ）学位。之后前往加拿大卡尔加里大学，跟随Robert Bell从事博士后工作（3个月）。
1995年，在英国牛津大学从事博士后工作，师从 John I bell、Andrew J McMichael、Bent K Jakobsen（至1998年）。
1999年，前往美国哈佛大学哈佛医学院博士后，师从 Don C Wiley、Stephen C Harrison，工作期间获得英国Wellcome Trust International Travelling Fellow资助（至2001年）。
2001年，担任英国牛津大学讲师、实验室主任、博士生导师（至2004年）。
2004年，入选中国科学院百人计划，并进入中国科学院微生物研究所工作，担任研究员、博士生导师，所长（至2008年）。
2005年，获得国家杰出青年科学基金资助，并担任“国家973项目”首席科学家。
2006年，入选新世纪百千万人才工程国家级人选。
2008年，担任中国科学院北京生命科学研究院副院长，同年担任中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室主任。
2010年，担任英国牛津大学客座教授。
2011年5月，担任中国疾病预防控制中心副主任（至2017年7月）。
2013年12月，当选中国科学院院士。
2014年，当选第三世界科学院院士，同年当选美国微生物科学院院士。
2015年7月，出任中国科学院大学存济医学院院长，11月当选中国生物工程学会第六届理事会理事长，12月当选中华医学会副会长。
2016年5月，入选欧洲分子生物学组织外籍院士，8月当选亚洲生物技术联合会主席（中国科学家首次担任该职）。
2017年2月，当选爱丁堡皇家学会外籍院士。8月1日，中国疾病预防控制中心召开处级以上干部会议，宣布任命高福为中国疾病预防控制中心主任[11]。12月，当选非洲科学院院士[12]。
2018年2月，被任命为第八届国家自然科学基金委员会副主任。
2019年4月30日，当选美国科学院外籍院士。
2019年11月16日，当选国际欧亚科学院院士。
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