2011年5月，担任中国疾病预防控制中心副主任（至2017年7月）。
2013年12月，当选中国科学院院士。
2014年，当选第三世界科学院院士，同年当选美国微生物科学院院士。
2015年7月，出任中国科学院大学存济医学院院长，11月当选中国生物工程学会第六届理事会理事长，12月当选中华医学会副会长。
2016年5月，入选欧洲分子生物学组织外籍院士，8月当选亚洲生物技术联合会主席（中国科学家首次担任该职）。
2017年2月，当选爱丁堡皇家学会外籍院士。8月1日，中国疾病预防控制中心召开处级以上干部会议，宣布任命高福为中国疾病预防控制中心主任[11]。12月，当选非洲科学院院士[12]。
2018年2月，被任命为第八届国家自然科学基金委员会副主任。
2019年4月30日，当选美国科学院外籍院士。
2019年11月16日，当选国际欧亚科学院院士。
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