基因武器和第一代生物武器最大的不同，便是可以针对特定的种族和人群甚至个人来开发基因武器。可以说，基因技术和生物武器是一种完美的结合，这种结合不仅使第二代生物武器的杀伤力更大，使战争发起者更加隐秘，更使传统生物武器的一切缺点不再存在。比如，第一代生物武器对敌我双方都有毒，而基因武器则可以做到仅对特定人群有害。和第一代生物武器相比，基因武器最大的优势是可以做到杀人于无形之中，只有在秘密战争形式中，基因武器才能发挥最大潜力。基因武器一出现，便超过了核武器、化学武器、第一代生物武器，成为了大规模杀伤性武器的王中之王，这种武器不但廉价、便捷，而且具有极度隐秘的特性。
从原则上看，假如美国人针对中国人或者俄罗斯人的某些独特基因特性开发出了针对性的基因武器，这种武器一旦在中国或俄罗斯运用，某种新型的难以克服的病毒将对相关种族带来普遍性影响，而且，“其结果很难与疾病的自然爆发相区别”。除非美国人自己的基因武器专家叛变并提供相关证据，中国人及俄罗斯人很难证明，这种新型病毒来自美国的实验室。对于美国来说，即便是这种新型病毒传播到了全世界，但并不会给美国的盎格鲁撒克逊人造成丝毫危害。
1969年11月25日，正当第一代生物武器已经逐步成熟，而第二代生物武器-基因武器的研制刚刚开头时，美国对生物武器的公开态度发生了大转变。美国总统尼克松在白宫发表讲话，宣布美国放弃生物武器并限制化学武器的进一步生产。尼克松在这段时间里还建议批准了《日内瓦议定书》，并和英国一起推动禁止所有生物武器的研发、生产、拥有和存储的条约。1971 年12 月16 日联合国在美国推动下通过《禁止试制、生产和储存并销毁细菌（生物）和毒剂武器公约》，离奇的是，这个公约竟没有明确规定禁止使用生物武器，主要内容是禁止再研发生产生物武器，这显然是针对美国以外的其他国家。
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