2.2 SARS CoV的系统发育非同一般，其存在快速而明显的“逆向进化”
“逆向进化”被定义为“再取得祖先状态”，是进化过程的组成部分，在生物界包括微生物界普遍存在。在自然状态下的进化长河中，“逆向进化”可能主要是“顺向进化”之补充与协调，为进化主流之曲折与迂回。然而，SARS CoV的“逆向进化”却出现早、表现多、持续长、力量大。
流行早期即丢失了和病毒宿主适应性相关的基因0RF8特征性29-nt，出现了和病毒毒力与传播力相关的受体结合位点重要氨基酸的“逆向进化”；2003~2004年广州爆发的SARS CoV和2002~2003年流行早期病毒之亲缘距离较晚期的更接近，等等。虽然，既往研究者对这些现象均进行了详细描述和分析，可是未用“逆向进化”理论作指导，或者尚未意识到“逆向进化”，因为目前国际上尚未将“逆向进化”理论用于人类疾病研究，因此，他们不能完全清楚地解释这些变异和进化现象，最后仅以“还需深入研究”结尾。
我们将这些研究结果重新审视和综合研究，提出了SARS CoV进化中存在明显的“逆向进化”，其主要结果不在此全面叙述，将另文发表。
同时，我们也做了一些具体研究[11-12]，以GZ02（AY390556）为外群，构建了系统发育有根树：将9条序列分为4组：PC03（SZ3SZ16），PC04（PC413、PC4136、PC4227），HP03（CUHK-Ag01、CUHK-Ag02），HP04（GZ301、GZ302）。结果发现，除CUHK-Ag01、CUHK-Ag02外，其它序列的位置及其相互关系Song等研究结果一致。
但是，我们增加的CUHK-Ag01、CUHK-Ag02位置及其2003-03上旬的TMRCA（TimeofMostRecentCommonAncestor，最近共同祖先时间）呈现出非常奇特的状况：TMRCA的计算结果不符合实际，因为分离到此2株病毒的患者3月中旬发病，但其病毒的祖先出现时间仅间隔10d，而此两株病毒和外群TMRCA又与实际相符。其原因可能是此两株病毒在流行后期，其选择压力、突变模式和进化方向正处在剧烈变动之中，使用目前国际上公认的计算公式和（或）建树方法，已不能正确地反映SARS CoV快速而明显的逆向进化实际。
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