首先，基因武器的杀伤威力极其巨大。利用基因技术制造的炸药，爆炸力强，威力比常规炸药大3～6倍。据估算，用5000万美元建造一个基因武器库，其杀伤效能远远超过50亿美元建造的核武器库。
如果将“埃博拉病毒”“艾滋病病毒”“O-157病毒”制作成基因武器，这些“生物原子弹”足以毁灭人类。因此，科学家又称基因武器为“世界末日武器”。
同时，基因武器的使用方法简单多样，可以用人工、飞机、导弹或火炮，把经过遗传工程改造过的细菌、细菌昆虫和带有致病基因的微生物，投入他国的主要河流、城市或交通要道，让病毒自然扩散、繁殖，从而使人、畜在短时间内患上一种无法治疗的疾病。
并且，基因武器还能根据需要，任意重组基因，可在一些生物中植入损伤人类智力的基因。当某一特定族群的人沾染上这种带有损伤智力基因的病菌时，就会丧失正常智力。另外，基因武器不易被发现，使对手防不胜防。因为经过改造的病毒和细菌基因，只有制造者才知道它的遗传“密码”，其他人很难破译和控制。
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