2003~2004年广州爆发的SARS CoV和2002~2003年流行早期病毒之亲缘距离较晚期的更接近,等等。虽然,既往研究者对这些现象均进行了详细描述和分析,可是未用“逆向进化”理论作指导,或者尚未意识到“逆向进化”,因为目前国际上尚未将“逆向进化”理论用于人类疾病研究,因此,他们不能完全清楚地解释这些变异和进化现象,最后仅以“还需深入研究”结尾。我们将这些研究结果重新审视和综合研究,提出了SARS CoV进化中存在明显的“逆向进化”,其主要结果不在此全面叙述,将另文发表。
图19条序列构建的有根系统发育树[12]同时,我们也做了一些具体研究[11-12],以GZ02(AY390556)为外群,构建了系统发育有根树(图1):将9条序列分为4组:PC03(SZ3SZ16),PC04(PC413、PC4136、PC4227),HP03(CUHK-Ag01、CUHK-Ag02),HP04(GZ301、GZ302)。结果发现,除CUHK-Ag01、CUHK-Ag02外,其它序列的位置及其相互关系Song等[4]研究结果一致。
但是,我们增加的CUHK-Ag01、CUHK-Ag02位置及其2003-03上旬的TMRCA(TimeofMostRecentCommonAncestor,最近共同祖先时间)呈现出非常奇特的状况:TMRCA的计算结果不符合实际,因为分离到此2株病毒的患者3月中旬发病,但其病毒的祖先出现时间仅间隔10d,而此两株病毒和外群TMRCA又与实际相符。其原因可能是此两株病毒在流行后期,其选择压力、突变模式和进化方向正处在剧烈变动之中,使用目前国际上公认的计算公式和(或)建树方法,已不能正确地反映SARSCoV快速而明显的逆向进化实际。
我们将图1和Song等[4]构建的无根树(图2)进行对比研究,发现SARSCoV的进化(距离)顺序为:2002~2003年流行晚期毒株——2002-2003年流行中期毒株^2002~2003年流行早期毒株——2003-2004年流行毒株,也即与正常的进化方向正好相反,这不仅支持了我们的上述观点,同时使我们认识到其在流行过程的进化中存在“逆向进化”。
然而,为何SARS CoV会发生强烈的“逆向进化”?原因在于,其以“非寻常进化”方式、很可能“非自然”地引人果子狸和人群后,遭到了新宿主群体强大持续而为SARS CoV不能适应的压力,故病毒只能以“逆向进化”应对,尽快回到其“祖先状态”,但此种“祖先状态”仅能在蝠中生存,故离开人群是其惟一出路。