基因武器和第一代生物武器最大的不同，便是可以针对特定的种族和人群甚至个人来开发基因武器。可以说，基因技术和生物武器是一种完美的结合，这种结合不仅使第二代生物武器的杀伤力更大，使战争发起者更加隐秘，更使传统生物武器的一切缺点不再存在。比如，第一代生物武器对敌我双方都有毒，而基因武器则可以做到仅对特定人群有害。和第一代生物武器相比，基因武器最大的优势是可以做到杀人于无形之中，只有在秘密战争形式中，基因武器才能发挥最大潜力。基因武器一出现，便超过了核武器、化学武器、第一代生物武器，成为了大规模杀伤性武器的王中之王，这种武器不但廉价、便捷，而且具有极度隐秘的特性。
从原则上看，假如美国人针对中国人或者俄罗斯人的某些独特基因特性开发出了针对性的基因武器，这种武器一旦在中国或俄罗斯运用，某种新型的难以克服的病毒将对相关种族带来普遍性影响，而且，“其结果很难与疾病的自然爆发相区别”。除非美国人自己的基因武器专家叛变并提供相关证据，中国人及俄罗斯人很难证明，这种新型病毒来自美国的实验室。对于美国来说，即便是这种新型病毒传播到了全世界，但并不会给美国的盎格鲁撒克逊人造成丝毫危害。
1969年11月25日，正当第一代生物武器已经逐步成熟，而第二代生物武器-基因武器的研制刚刚开头时，美国对生物武器的公开态度发生了大转变。美国总统尼克松在白宫发表讲话，宣布美国放弃生物武器并限制化学武器的进一步生产。尼克松在这段时间里还建议批准了《日内瓦议定书》，并和英国一起推动禁止所有生物武器的研发、生产、拥有和存储的条约。1971 年12 月16 日联合国在美国推动下通过《禁止试制、生产和储存并销毁细菌（生物）和毒剂武器公约》，离奇的是，这个公约竟没有明确规定禁止使用生物武器，主要内容是禁止再研发生产生物武器，这显然是针对美国以外的其他国家。
1972 年4 月1日美苏等国代表在此公约上签字，1974 年12 月16 日美国参议院批准了此公约，1975 年1 月22 日美国总统福特在公约上签字。随后，福特总统同意在未来战争中限制使用化学武器，《日内瓦议定书》在50年后终于获得美国批准。美国竭尽全力否认自己在朝鲜战争及其他场合使用过生物武器，并在七十年以后公开宣布放弃生物武器，并加入《禁止试制、生产和储存并销毁细菌（生物）和毒剂武器公约》，这一切公开行为的本身，便是秘密生物战的一部分。美国的目的之一，便是阻止苏联生物武器尤其是第二代生物武器基因武器的研发。1968 年一名法国化学、生物战剂研究官员指出：
“苏联在生物战方面己大大超过了西方世界。苏联在研究和生产方面的潜力不断增加，并且在最近几年里，从许多新发现中得到了好处。”的确，当时苏联的第一代生物武器已经与美国不相上下，甚至出现全面超越态势。而第二代生物武器基因武器的研发刚刚开始，在这种情况下，美国突然要把苏联拉下水，要一起销毁生物武器，其真正的意图是什么，是显而易见的。后来叛逃到英国的前苏联生物武器专家凯恩•阿里贝科(Ken Alibek)曾作证：
“我们并不相信尼克松的宣布，哪怕是美国下令销毁其庞大的生物武器库，我们依然认为美国只是在更深地掩藏其他活动。”的确，苏联在七十年代并没有上当放弃第一代生物武器的研发，但是自从1979 年4月3 日，莫斯科以东1320 千米的斯维尔德洛夫斯克南郊的产炭疽杆菌工厂爆炸事故以后，苏联的第一代生物武器研发便逐渐停滞。而基因武器则始终没有得到有力推进。生物武器，从一开始就被美国认为和核武器一样的杀手锏武器。显而易见，生物武器与核武器相比，最大的优势不是成本低廉，而是它可以隐秘使用，不知不觉中对敌人进行大规模杀伤。美国曾在日本已经战败情况下对日本进行了惨无人道的核轰炸，其目的有三：1、彻底驯服日本。
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