王仲案的处理受到了时任中央纪委第一书记陈云的极大关注,他多次听取案情汇报,并先后派出一百多人次的工作组调查此案。有人曾经为王仲说情,说他是个老同志,为党作了一些贡献,是不是应该从轻处理。但是陈云同志认为,“在我们改革开放的关键时刻,在一个地区出现如此严重的情况,王仲起了一个非常坏的作用,如果不依照党纪国法进行惩处,对我们打击经济领域严重犯罪活动的斗争,对我们的改革开放都是不利的”。
1982年8月24日,中共广东省委批准汕头地委决定,开除王仲党籍,撤销其一切职务。同日,广东省人民检察院汕头地区分院批准将依法逮捕王仲。经办案人员查证,原中共广东省汕头地委政法委员会副主任、前海丰县县委书记、县革委会主任王仲,利用职权侵吞缉私物资、受贿索贿,总额达6.9749万元,情节特别严重,已构成贪污罪和受贿罪。
6.9万元,这个数字当时相当于一个普通干部100年的工资收入。广东省汕头地区中级人民法院依照《中华人民共和国刑法》第一百五十五条、第一百八十五条和五十三条第一款的规定,判处王仲死刑,剥夺政治权利终身。王仲不服,提出上诉,经广东省高级人民法院终审判决,驳回上诉,维持原判,并报经最高人民法院核准。1983年1月17日,汕头举行1.7万人参加的宣判大会,会后将罪犯王仲押赴刑场,执行枪决。