离开布卡营后,巴格达迪与伊拉克基地组织的发言人取得了联系。被巴格达迪深厚的宗教知识打动,这位发言人让巴格达迪前往叙利亚首都大马士革,负责监管基地组织在当地的宣传工作。
伊拉克基地组织的领袖、约旦人扎卡维(Abu Musab al-Zarqawi)于2006年6月死于美军空袭,之后来自埃及的马斯里(Abu Ayyub al-Masri)继任领袖一职。
同年10月,马斯里解散了伊拉克基地组织,创立了伊拉克伊斯兰国(ISI),同时继续宣布对基地组织效忠。
新的埃米尔
在ISI里,巴格达迪再次展示了他的特长:深厚的宗教知识;协助沟通组织内部的伊拉克人、外国人和此后加入的新成员。一步一步,巴格达迪成为了ISI的高级头目。
他被任命为伊斯兰教法委员会的督导员,还成为了ISI舒拉委员会中的一员,为该组织的埃米尔阿布·奥马尔·巴格达迪(Abu Omar al-Baghdadi)提供意见。
此后,巴格达迪加入了ISI的协调委员会,负责监管该组织与伊拉克指挥官成员之间的通讯。
2010年4月,ISI创始人和埃米尔分别丧生后,该组织的舒拉委员会推选巴格达迪为新任埃米尔。