经过几年的学习,巴格达迪拿到了《古兰经》研究的学士学位,并在2002年拿到了硕士学位,他的硕士学位论文有关《古兰经》的诵读,次年他与第一任妻子在伊拉克安巴尔省结婚。据路透社报道,巴格达迪日后还娶了另外两位妻子。
《每日电讯报》报道称,多位巴格达迪的同学与朋友在接受采访时指出,在大学学习期间巴格达迪是一个害羞且给人印象不深的神学学者,而且反对暴力。截至2004年,他已在巴格达西郊一处逊尼派与什叶派混居的贫民区内的一间清真寺里住了超过十年。
曾与巴格达迪上过同一门课的伊拉克民兵组织“伊拉克伊斯兰军”(IAI)领导人艾哈迈德•达巴什(Ahmed al-Dabash)介绍称,巴格达迪喜欢独处。“他一点也不重要,没人会真的在意他。”达巴什说。
不过,据《华盛顿邮报》中东问题资深记者、普利策奖得主乔比•沃里克所著的《黑旗:ISIS的崛起》一书介绍,巴格达迪在就读大学期间,已经显出了一些原教旨主义倾向。他的亲戚们指出,巴格达迪无法容忍传统婚礼上男男女女共处一室跳舞游戏的场面,对此常常抱怨道:“这样的行为违背教义!”