建国后他仍然当过一段清华的一把手，一直到1951年。
1968，他已经七十岁，因为熊大缜的事，涉嫌“国民党特务团”被捕。他在狱中一年半。看过提审纪录的黄延复说，他所有的话，其实只有一句“我是科学家，我是老实的，我不说假话”。之后他由红卫兵组织隔离审查。
他出现幻听，认为有电台在监视他，“一举一动都有反映，他喝一口茶，电台就说他喝茶不对，他走出门，电台就叫他马上回去”。
他的侄子看着他，“甚觉悲哀”，说“你是学物理的，你知道电波透不过墙，根本没有这种事，是幻觉”。他说：“有，是你耳朵聋，听不见。”
之后他再次入狱，出来的时候，已身患重病，小便失禁，双腿肿胀难以站立，整个身子弓成九十度。
当时的中关村一带，有不少人都看过他，他穿着一双帮裂头缺的破棉鞋，有时到一家小摊上，向摊主伸手索要一两个小苹果，边走边嚼。
如果遇到学生模样的人，他伸手说“你有钱给我几个”。
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