房峰辉于1999年至2003年,担任了4年第21集团军军长。当时,第21集团军隶属于兰州军区。郭伯雄在1999年,由兰州军区司令员、军区党委副书记,调任解放军常务副总参谋长、总参谋部党委副书记。
2003年12月,房峰辉调任广州军区参谋长,成为大军区的副职将领。2005年晋升中将军衔。
2007年,房峰辉升任北京军区司令员,时年56岁,成为当时七大军区司令员中最年轻的一位。2009年,房峰辉成为国庆60周年阅兵的总指挥。
2010年7月,房峰辉晋升上将军衔。2012年任解放军总参谋长,并成为中央军委委员。
据《环球人物杂志》报道,担任总参谋长后,房峰辉回顾过往时曾说:“回想我当团长时,正是改革开放初期,那时我所在的部队装备类型比较少,技术含量比较低,部队还没有完全脱离骡马化;当师长时,部队装备的类型比较全了,性能有了很大的改进,指挥自动化手段也开始运用,部队基本实现了摩托化;当军长时,部队已经有了先进的自行火炮、装甲车辆,以及较为先进的指挥自动化系统,逐步向机械化和信息化方向发展。”
据其报道,房峰辉喜欢无线电和电脑软件,担任第21集团军军长时,已订阅《无线电》杂志20多年,后来又订阅了《电脑世界》。
中共中央军委政治工作部原主任张阳被披露自杀死亡42天后,中共中央军委联合参谋部原参谋长房峰辉经证实已被移送军事检查机关。