与香港的情况一样，英国在印度实行总督专制统治。1947年3月，蒙巴顿接任印度总督后，同印度各政党领导人谈判，深感局势危急。5月底他回了一趟伦敦，6月2日又马不停蹄地回到印度，第二天就发布了《蒙巴顿方案》。据此方案，印度分为印度教徒为主体的印度斯坦和伊斯兰教徒为主体的巴基斯坦两个自治领，英国分别向两者移交政权。国大党和穆斯林联盟都勉强接受了这个方案。1947年8月14日，巴基斯坦自治领成立;8月15日，印度自治领成立。
印巴分治后的几年中，700多万穆斯林背井离乡，从印度迁往巴基斯坦;许多印度教徒也从巴基斯坦逃往印度。其间发生了大量摩擦和冲突。这加剧了两大宗教之间的矛盾和仇恨。目睹了1947年印巴分治时流血冲突的法尔阿纳皮莱教授对当时的情景描写道：“旁遮普、西北边省和信德经历了人类文明历史上前所未有的恐怖。人们有时被迫真正名副其实地吃自己亲人的肉，喝自己亲人的血。阿姆利则和德腊—伊斯迈耳汗的整个市区都被彻底夷平。1947年8月开始了恐怖世界。拉合尔变成了一座死城。从1947年8月12日起，这座居住着和平的居民，拥有20所高等学校和几十所中、小学，拥有许多宫殿和公园，拥有工业企业和手工业者街区的印度最繁荣的城市，变成了名副其实的墓地和恐怖与死亡的世界。人们的活动和与外界的联系像魔术一般突然停止了。有一段时间，火车站变成了战场，那里的伊斯兰教徒职员杀死了他们的印度教徒和锡克教徒伙伴，那里的锡克教徒和印度教徒居民与想杀他们的伊斯兰教徒流氓展开了搏斗，那里的俾路支团的士兵和多哥尔团的士兵互相射击。”
《蒙巴顿方案》还授予各土邦自由选择加入任何一个自治领的权利，如果土邦不愿意加入任何自治领，可以保持与英国的旧关系，但得不到自治领的权利。“土邦”是对英国殖民时期南亚和东南亚部分地区保存的土著王公领地的称呼。印度土邦面积占全国的2/5，人口占全国的1/4。克什米尔就曾是印度第二大土邦，这里穆斯林人口约占77%，印度教徒约占20%，其余为锡克教徒、佛教徒等。按常理，这里应该交给穆斯林管理，可英国人却在1846年把克什米尔的统治权卖给了印度教徒王公古拉布·辛格。《蒙巴顿方案》出台后，王公哈利·辛格想独立，巴基斯坦也与之签订了协议，可印度不同意，希望将克什米尔纳入自己的版图，还请圣雄甘地和蒙巴顿去游说王公，但没有成功。
1947年8月，克什米尔蓬奇地区爆发了穆斯林退伍军人反抗克什米尔王公统治的起义，并于当年10月宣布成立“自由克什米尔”政府，加入巴基斯坦。哈利·辛格向印度求援。印度把握这次绝佳时机，提出只有克什米尔归并印度才考虑援助，哈利·辛格被迫同意。印度立即出兵克什米尔，帮助哈利·辛格镇压穆斯林，巴基斯坦则支持克什米尔的穆斯林力量，第一次印巴战争开始了。
1949年1月1日午夜，印巴遵照联合国决议实现停火，并于7月在联合国监督下根据双方达成的《卡拉奇协定》划定停火线。克什米尔被分为两部分：印控地区和巴控地区。停火协议并没有解决克什米尔的归属问题，停火线也违反克什米尔居民的意志，成为印巴对峙的前沿阵地。半个多世纪以来，双方纷争不断。
