美国国家民主基金会针对中国内地的项目，主要采取由基金会资助课题合作、项目研发、人才交流、专题报告等方式，重点是中国内地学界。从该基金会网站发布的预算情况看，资金往往经由美国商会、劳联-产联等机构，流向中国内地。
值得一提的是，美国国家民主基金会对中国内地学界的资金投入，并不期望获取多少有价值的情报，而是想把握中国内地学界关注的是什么，努力寻求中国内地学界按照美国划定的路线图思维，增加美国对中国未来走向的确定性。也就是说，该基金会致力于长期改造中国内地学界思想和意识形态的系统工程。
该基金会对“民运”、“藏独”、“疆独”等势力的资金投入每年在100万美元以上，进行赤裸裸的颠覆活动。在2008年的拉萨“314”事件和2009年的乌鲁木齐“75”事件背后，都有该基金会的影子。
美国国家民主基金会针对香港的活动项目主要是由其下属的全国国际事务民主学会和美国国际劳工团结中心负责，长期资助香港“民主党”、“思想政策研究所”、“新力量网络”、“香港职工联盟”、“香港人权监察”等非政府组织，专门培训“港独”分子如何上街闹事，事后如何逃避追责，如何嫁祸他人，如何恶人先告状。
从2003年至今，香港每次大型街头运动都少不了美国国家民主基金会在幕后的组织、策划、指挥、资金和物质提供。
