国家民主基金会与美国中央情报局（CIA）的关系更是密切。据俄罗斯媒体披露，例如该基金会的创始人之一小沃尔特·雷蒙德，1970-1982年间一直在为中央情报局工作。至于该基金从事的活动，其创始人之一的艾伦·温斯顿曾在接受《华盛顿邮报》采访时直言不讳地说“我们今天做的许多事情，就是25年前中情局偷偷摸摸做过的”。
由此可见，国家民主基金会实际上就是一个换了马甲的中央情报局。但由于其有非政府组织的招牌，不易引起注意，所以西方的研究报告都说，“在向非政府组织提供战略资金方面，美国外交政策精英们认为国家民主基金会比秘密支援更可靠”。
国家民主基金会运营的资金主要来自美国议会审批的政府拨款。1984-1990年，国家民主基金会每年从美国新闻署那里领1500-1800万美元；1991-1993年，每年可领到2500-3000万美元。
2011年“9·11事件”发生后，美国政府进一步增加了对国家民主基金会的拨款。2009年为1.31亿美元，2010年为1.35亿美元，2011年到现在基本上一直保持在这个水平上。
除了美国政府拨款，国家民主基金会在上世纪90年代后期还多了两个资金渠道，一个是美国国会对外民主项目资助，近年来每年近2000万美元；另一个是美国国务院人权民主基金拨款。
