蒋介石要蒋经国接管谍报系统，经历了一个艰难的过程，碰了很多的钉子。而最大的钉子就是毛人凤。按蒋介石的计划，让蒋经国接任保密局局长，原任局长毛人风退为副局长。他没想到，从前对他毕恭毕敬的毛人凤，现在对他却并不是那么顺从。毛人凤竟然抗命不受。
毛人凤（中）和蒋经国（右）
其原因众说纷纭——有的说是自不量力，有的说是自恃功高，也有人说是毛人凤自信有蒋夫人做靠山，故有恃无恐。关于后者，毛人凤在台湾谍报系统最主要的竞争对手郑介民有过婉转的解说。毛人风死后，郑谆谆告诫他有意扶植为接班人的叶翔之：“不要跟（蒋）夫人太接近，总统是很忌讳这一点的，毛人凤就死在这上面。”美国既公开为台湾当局充当保护伞，对台湾当局颐指气使。台湾当局与美国政府沟通的主要中介，则是宋美龄。当时曾有人借用医学名词为台湾官场的政治分野下定义，蒋介石一系称作“内科”，蒋经国一系称作“小儿科”，宋美龄一系称作“妇科”。“妇科”因有美国背景，权倾一时。毛人凤在当时走的就是“妇科”路线。有宋美龄为他撑腰，他当然可以谁的账也不买。
毛人凤拒不交权，而且还不失时机地反击一把。因为蒋经国策划的毛邦初事件，是蒋经国对美“统战工作”的一个重大败笔。幸灾乐祸的毛人凤赶紧把关于毛邦初事件的详细情报送到蒋介石案头，期望蒋介石能据此查办蒋经国。
蒋经国遭此一劫，对毛人凤恨得咬牙切齿，更加急于瓦解毛人凤的铁桶江山。毛人风的做法，蒋介石也不会就此罢手。1950年2月28日，蒋介石连下三个手令：一是派蒋经国重建军队政治机关；二是派俞鸿钧负责设计台湾财政经济秩序；三是派“台湾保安司令部”副司令彭孟缉为“台湾情报工作委员会”主任，负责协调指挥各谍报部门。
即使在国民党谍报系统内，毛人凤、郑介民、叶翔之、叶秀峰，哪一一个都比彭孟缉的资历高出一大截。在等级制度严格的谍报系统中，彭孟缉要“协调指挥中央各情报单位”谈何容易！蒋介石明知如此仍然要选择彭孟缉，针对毛人凤的自负，故意派个层级较低的人去领导他，以打击其气焰。由于毛人凤等的抵制，彭孟缉开始也是一筹莫展。但经过两个多月的僵持，彭孟缉终于找到了突破口，略施小计，便把台湾所有谍报机构的内情全部掌握，而后实现统一调度，自非难事。“台湾情报工作委员会”的权力因此膨胀到惊人的地步。彭孟缉初步整合了台湾谍报系统，但他并不是十分清醒，没有意识到他不过充当蒋经国接管台湾谍报系统的“清道夫”，稳坐在“台湾情报工作委员会主任委员”的椅子上，毫无“功成身退”之意。好在由他久经宦海的老子支招儿，说彭孟缉“威势震主”，应知居高思危之道，把谍报大权推给蒋经国。彭孟缉这才慢慢开了窍，在一次谒见蒋介石时，谦称自己德薄才浅，不堪膺此重任，恳请另荐贤能如经国先生，来“台湾情报工作委员会”。就此，蒋经国正式接管谍报机构。蒋氏父子当然视彭孟缉为功臣，待他甚厚。
