1994年11月起先后任中国建设银行房地产信贷部副主任，中国人民银行银行司助理巡视员、副司长，中国人民银行监管二司副司长、司长，中国人民银行办公厅主任、党委办公室主任。
2004年7月任中国人民银行行长助理、党委委员。
2006年6月任中国人民银行副行长。
2014年10月任中国农业银行党委书记，2014年12月任中国农业银行董事长。
2016年2月任中国证券监督管理委员会主席、党委书记。
2019年1月任中华全国供销合作总社党组副书记、理事会主任。
2019年5月19日，中央纪委国家监委网站发布刘士余主动投案消息。
十九大代表 ，第十九届中央委员。
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