报道称，日本政府相关人士指出“到弄清事故全貌所需的时间有可能以年为单位”。如果剩下的12架F-35长期停飞，必然导致保卫日本领空的防空战力下降，政府消息人士警告称“中国和俄罗斯或许会进行挑衅”。
究竟是人为失误还是机体缺陷？围绕没有先例的事故调查，曾担任过日本防卫相的人士敲响警钟称“如果存在缺陷，将把主导开发的美国卷进来，成为日美的问题”。但日本外务省官员表示“首先是防卫省负责，不是外务省出头的时候”，欲防止事件扩散牵扯到外交问题。
日本首相安倍晋三于去年11月末在阿根廷举行的日美首脑会谈上，承诺大量采购预估单价为116亿日元(约合人民币7亿元)的F-35战机。如果日本的采购计划陷入停滞状态，也可能使特朗普政府生疑。日美两国政府计划本月内在美国首都华盛顿举行外长防长参加的安全保障磋商委员会（2+2）会议以及首脑会谈，日本外务省官员透露出“希望极力避免过度反应”的想法。
