日占期间，特别是太平洋战争爆发之后，英、美、法背景的外国医院都被日军接管或关闭。由于德、日、汪伪之间的同盟关系，德国医院的经营并未受到干扰，而且在硬件水平上继续提升，购入了许多先进设备。不过，1941年起的通货膨胀使许多医护人员的日常生活出现困难。1945年日军投降之后，美军比国军先进入北平，德国医院附属的军官住宅全部由美军占领。
此后的接收过程，中方材料记载得比较详细：10月13日，北平卫生局局长韩云峰发出训令，派吴洁前往接收德国医院。当吴洁向德籍院长提出将医院物品登记造册时，对方“以一些医疗器械属私人财产为由，拒绝交出”；吴洁对德籍医务人员的安排，对方亦“找了种种借口推托或婉拒”。
吴洁兢兢业业地解决了这些困难，“把上交来的财物、医疗器械整理得清清楚楚，甚至一把钳子、一卷纱布，都要登记造册”，并利用自己在医学界的人脉和威望重建了优秀的医师队伍，扩大了医院的规模，“专门为平民开了病房，设在主楼后的西北位置，是一间20张床位的病房，这也是过去所不曾有的”，使其“成为当时北平第一所中国人自己管理的最大最好的医院”。
但是，上任还不到1个月，吴洁就遭遇了一起“通天”的告状事件：护士们联合了10多个国家的69位公民，由当时北平救世军秘书长陆玮出头，以“北平外侨团”的名义，于1945年11月7日上书宋美龄，反映接收过程中出现的种种问题，并称自己受到了不公正对待。吴洁在给政府的回复中，不仅解释了接收医院的充分正当理由，还就医师、护士待遇等问题做了说明，如“查修女资历均为普通中学程度，并未受过任何正规护士培训，如按我国护士会规定，只能予以护士助理员职务”等等。
吴洁主导的改革从根本上触动了德方人员的利益，招致了后者的严重不满，反映在其日记和回忆录里。据护士长沈亚拿回忆，1945年10月15日，“主事者的外甥”张博士向她传达了政府将接管医院的决定。吴新生在书里说，当时吴洁“已离开北平多年，对北平已很不熟悉……就临时找了几个亲戚，包括曾在警察局任职的非嫡亲外甥何延镇，药学讲习所毕业、多才多艺的侄女吴慧珍，以及燕京大学经济系毕业的内弟张锡璋和其他几个介绍的人，陪同他去德国医院接收。
利用亲属和熟人参加他的工作，可以说是他这一生唯一的一次”。所以，沈亚拿应是把张锡璋的身份与何延镇弄混了。她还说，新院长决定扩大医院规模，增加了20名医生，一起在4间诊室里工作。原有的17名德国护士都被暂时保留，又增加了40名中国护士，但护士们的待遇大大下降。这与中文材料基本一致。值得玩味的是，有几份材料提到了医院接收过程中出现的混乱现象和腐败行为。
