伪满皇宫博物院研究人员赵士见研究相关史料发现，第100部队的前身是1931年11月关东军设立的临时病马收容所，1933年2月，关东军司令部命令临时病马收容所改编为关东军临时病马厂，并将厂址由奉天（今沈阳）迁址到新京（今长春）。
1936年4月23日，关东军参谋长板垣征四郎向陆军省呈报《对充实在满兵备意见书》，提出“改编‘关东军临时病马厂’，使之成为收治伤病马、防疫、细菌战对策的研究机关，新设‘关东军军兽防疫厂’（挂牌时正式名称为‘关东军军马防疫厂’）”。
1936年8月1日，关东军军马防疫厂成立，标志着日军第100部队正式成立。1940年底，根据关东军命令，这支部队采用秘密番号，即满洲第100部队。
以马匹等动物防疫为研究内容的幌子，很快就被扯下。1937年，一份名为“关参一发第一八七七号”的命令文件正式下发，关东军司令官植田谦吉向日本陆军大臣杉山元命令提请“军用细菌研究从业者命令件”报告，任命高岛一雄等人从事军用细菌研究。
至此，第100部队从此前宣称的防疫研究，正式走向了有组织的国家军用细菌研究。“这标志着第100部队正式走向了国家有组织犯罪的不归路。”赵士见说。
第100部队存在期间，“魔爪”伸向了很多地方。据介绍，第100部队是一个系统庞大的细菌战部队，由本部、分厂和军团兽医部队三部分构成，其中本部是由总务部、教育部和业务第一、第二、第三、第四部构成，分支机构主要在大连、牡丹江等地。
