随后，越南当局无视国际组织的要求和中国的严正立场，多次派船抵近永暑礁侦察、骚扰，并企图派人登礁与中国海军对抗。
3月13日下午，在赤瓜礁西北10海里处发现三个目标向中国军舰驶来，确认是越南505号登陆舰、604号武装运输船和605号运输船。越南三艘舰船到达赤瓜礁后，在附近海域抛锚。
中国海军编队指挥员当即向越军喊话：“这里是中华人民共和国领海，你们立即离开！”同时立刻向中央军委报告。
刘华清得到报告后，对海军指挥员说：“只要对方先开第一枪，就坚决歼灭他！”
双方一直对峙到14日清晨，越南604号武装运输船见中方人员已经登上赤瓜礁，不顾中方一再警告，悍然派出几名特工人员，携带绳索，游到礁盘上。
既要将敌方侵礁人员驱赶开，又要坚持不开第一枪的原则，中国登礁人员反复进行喊话：“这里是中国领海，你们立即离开！”越军士兵非但不听劝告，反将越南国旗插到中国官兵面前。面对挑衅，反潜班长杜祥厚一步跨上前去，一把将越南国旗拔起扔进海里。敌方护旗人员挥拳朝杜祥厚打来，由于动作过大，身体前倾，被杜祥厚顺势卡住脖子，按倒在水里。
旁边的一个越军士兵端起枪，瞄向杜祥厚，就要开枪时，502舰副枪炮长杨志亮一个箭步冲上前去，将其枪管猛地往上一托。这时，另一个越军士兵开枪将杨志亮左手手臂的骨头和动脉打断。
枪声一响，中方礁上人员立即开始反击。
同时，双方的舰船也开枪、开炮。越南604号船很快中弹起火，其余两舰中弹后逃走。中国海军击毙敌登礁人员20余人，俘虏9人。战斗只进行了28分钟便告结束。
