1987年11月，刘华清出任中央军委副秘书长。1988年2月12日晚，中央军委一位主要负责人找到刘清华谈话，就南海问题想要听听刘华清的意见。关于南沙，刘华清说：“保卫南沙是海军的任务。近些年，海军曾多次派出舰艇、飞机前往南沙巡逻、训练。今年上半年，我们还要应联合国的要求，完成永暑礁建设海洋观测站的任务。从军事斗争角度来看，我海军兵力在数量和质量上都有较大优势。不利条件是，我们远离基地，防空、补给和守护岛礁都不容易。不过，这些困难是完全能克服的。我的意见就是：为了维护国家海洋权益，无论从当前还是长远形势看，都需要快速发展海军和空军装备。”
随后，他们认真探讨了在西沙修机场的事情。其实早在1974年，邓小平就讲过，西沙机场以后一定要搞，那里位置重要，可以前伸到东沙、南沙，并控制南沙。刘华清对军委领导说：“现在我们的机遇来了，关键就是拍板和落实。”
对此，中央军委主要负责人的态度也很坚决：“我们要表明严正立场，南沙的领海主权是我们的，并在南沙加强我们的军事掌控。不仅如此，还要加强巡逻，以显示我们的国威、军威。对这个方向的斗争，要加强哪些力量和建设，你尽快研究写个报告给我。”
这次谈话之后，为了有理、有利、有节的进行斗争，刘华清同洪学智副秘书长、迟浩田总参谋长，以及总后张彬副部长，海军张连忠司令员和李耀文政委等进行了多次研究，把一切可能发生的困难都作了预想，一切应该采取的措施都进行了周密筹划，最后形成了一份建议，以总参谋长名义呈报两位军委副主席。1988年2月29日，军委主席邓小平阅后批示：“同意。”
根据军委领导的意见，刘华清等人又一次研究调整了建议内容。3月10日，迟浩田总参谋长代表军委向中央政治局常委请示，并得到了最终批准。
