1758年，东布鲁特各部归附清朝，表文曰：“我部久思投诚大皇帝，为准噶尔所阻，不能自通，今得为天朝臣仆，实望外之幸。”1759年，在平定大小和卓之乱的过程中，布鲁特的头领阿奇木比曾率兵攻破大小和卓控制的喀什噶尔，起到了牵制作用。
随后，西布鲁特15部也归附清朝，表文曰：“今将军自喀什噶尔传谕我部，颁给印文……当率诸部，自布哈尔迤东二十万人众，皆作臣仆”。至此，布鲁特全部归附清朝，一部分随清军迁往黑龙江一带。
1864年10月，俄国胁迫清政府签订中俄勘分西北边界条约，强行割让天山山脉以北，伊犁常驻卡伦线以西的四十四万多平方公里的领土，其中就包括东西布鲁特。游牧于天山北路、伊塞克湖周围、纳林河上游的多个布鲁特部落也就正式划归俄国。
清朝文献中称布鲁特十九部落，其中五部投附俄国，余下十四部仍愿意归属于清朝中国。俄国军事当局自 19世纪80年代开始一直对布鲁特实行殖民统治。1916年，中亚人民因反抗俄国征兵而爆发起义运动，大量布鲁特人选择越界逃赴中国新疆地区，被军阀杨增新接纳收容。民国年间，住居中国的布鲁特人最终被命名为柯尔克孜族。
