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中国的杂交水稻，是转基因粮食的不可逾越的障碍。他不顾第一代转基因已经失败而传统育种获得巨大成功的事实，宣称“传统育种的黄金时代已经过去，现在以及未来是属于遗传工程特别是转基因技术的”，挖空心思误导民众。
学者顾知非称：“以目前的科学水平，还不能完全精确地预测‘好基因’移居到新的遗传背景中后能否适应，会不会染上新的毛病。”方舟子反射性发作：妖魔化转基因的顾知非之非(2010-03-08)顾知非不知何许人，但这个名字取得很没有自知之明……”。
2010年9月，面对美国杜邦公司的转基因玉米先玉335造成中国北方地区动物异常现象的事实，方舟子没有任何调查没有任何实验就一口断定：“转基因致动物异常是低级谣言”“老鼠绝迹是因为猫多和水泥地的缘故”，并污蔑和威胁揭露此事的新华社报刊和记者是在用“谣言挑战推广转基因作物的国策”。
当民众对转基因粮食的违法推广提出质疑时，他便以“中央一号文件”为武器，称“民众反转基因是反对中央。”挥舞起政治威吓大棒。
