由于全线保持高水位运行，可以自流覆盖绝大部分干旱区域。这些地区地势平缓、光照充足，可根据需要设置大量支线，工程实施后，将形成约1万公里长、20公里宽的绿洲带。随着生态环境的逐步改善并产生累积效应，将带来巨大的生态效益和经济效益。
为惠及更多地区，方案还设计了三条主要支线
通向延安方向的“红延河”，通向内蒙古、北京方向的“漠北河”，以及通向吐哈盆地的“春风河”。
“红旗河”的三条主要支线均是基于相关区域地理特点的最优选择，使得在保证坡降的前提下，能够全程高水位自流，保持高水位优势，有能力将水源和水能送往更多的干旱区域。
