目前黄岩岛由中国实际控制，行政属海南省三沙市管辖。但菲律宾对黄岩岛存在主权声索。黄岩岛水域是中国渔民的传统捕鱼场，菲律宾渔民也大量出现在这一海域。
2012年发生的中菲黄岩岛事件，就是由渔业冲突所引起，菲律宾试图控制该岛，经过数十天的对峙后中国实际掌握了黄岩岛的控制权。随后，中国执法力量实现了对该岛的常态化巡逻和管理。
1997年5月中国与菲律宾曾在黄岩岛海域对峙。1999年11月3日，菲律宾507舰在黄岩岛东南入口处北侧坐滩成功，后应中国政府要求于11月29日将507号舰拖带脱浅并撤离。2009年3月10日，菲律宾总统阿罗约签署“领海基线法”，将黄岩岛划归菲律宾国土范围。
2012年4月中菲再次发生黄岩岛对峙事件，菲律宾公务船试图驱赶中国渔船并封锁潟湖进出口。6月18日，因台风天气影响菲律宾船只全部撤离黄岩岛而中国船只并未撤离。2013年1月21日，菲律宾外交部长承认中国已“实质上控制”黄岩岛。
2016年10月19日，菲律宾新任总统杜特尔特首访中国，并争取菲律宾渔民在黄岩岛的捕鱼权。两国达成协议，中国海警船只在黄岩岛水域进行执法及管理，中国容许菲方渔船在黄岩岛附近海域作业。
