10月9日后，刘少奇已经完全不能进食，只能靠鼻饲维持生命。10月14日，刘少奇的《病情报告》记录说：心脏有冠状动脉疾病，脑血管有硬化及脑软化，加上糖尿病，病情极有可能突然恶化，今后如再发生反复，即可能无法救治。
1969年4月1日至24日，中共九大召开，林彪所作的政治报告把“无产阶级专政下继续革命的理论”作为社会主义革命的指导思想和“文化大革命”的理论依据确定下来，使“文化大革命”的错误理论和错误实践合法化。而且，九大选举的中央领导机构使林彪、江青一伙攫取了更大的权力，林彪被选为中央副主席。
刘少奇继续被单独看管，对这些一无所知。7月5日，刘少奇支气管炎发作，发烧，咳嗽，呼吸加快，两肺杂音明显增多，心率加快。此时的《病情报告》说：“因他年龄较大，久病长期卧床，消瘦，抵抗力极差，容易发生休克、心力衰竭、糖尿病酸中毒等并发症，故预后不良，可能随时发生死亡。”
10月17日晚，身患重病不能活动的刘少奇，被用担架抬上飞机，送到河南省开封市，秘密监禁在开封市革命委员会院内“同和裕银号”旧址的小屋内。由于长途转运，加之长期以来医疗条件跟不上，到开封后医疗条件更差，林彪、江青一伙又拒绝调拨必需药物，刘少奇病情进一步加重并迅速恶化。10月24日、31日、11月10日，三次病危。
1969年11月12日凌晨6时45分，在到达开封后的第27天，刘少奇在河南省开封市含冤逝世。没有家人在身边：王光美被监禁，子女不知所往；家人也不知道刘少奇身在何处，情况如何。就这样，一代伟人默默地冤逝。
刘少奇逝世后，遗体当夜即被火化，骨灰被秘密存放在开封。在火葬申请单上，从北京赶来的专案组人员冒用了“刘源”的名字，死者姓名则是外界很少有人知道的刘少奇少年时用过的名字“刘卫黄”。
刘少奇在痛苦中彷徨，在痛苦中挣扎，在痛苦中走向了“凤凰涅槃”。
刘少奇被开除党籍1人未举手 令人佩服
