中国政府对印度尼西亚政府这些举动当然是非常恼火的，但是由于1957年中国国内发生的整风运动、反右派斗争，以及毛泽东“东风压倒西风”的论断在侨务工作领域造成了一定影响，使得中国政府在处理冲突时，中国更加强调两国间共同利益，淡化冲突本身。因此中国政府副总理兼外交部长陈毅于1960、1961年两次对印尼方面表示，中国愿意同印尼保持友好关系，华侨问题是小问题，我们不希望该问题扩大化，反帝和反殖是中印两国共同理想和关注的重点。（ps：1961年3月陈毅对来访的苏加诺总统表示，华侨问题在中印关系中是小问题，且已得到解决。苏加诺对此表示同意。）⑵
至于60年代中后期，印尼发生了骇人听闻的“九三O”事件，印度尼西亚右派军人集团在消灭印度尼西亚共产党的同时，也对华侨华人大肆逮捕和屠戮。他们在全印度尼西亚大小岛屿的数百个城镇，进行野蛮迫害、蹂躏。他们调动军警，组织暴徒，对华侨任意逮捕，非法审讯，严刑拷打。他们焚烧华侨的房屋，抢掠华侨的财产，封闭华侨社团和学校，霸占华侨的商店，使无数华侨、华人倾家荡产，流离失所，陷于生存绝境。
1966年5月，印度尼西亚政府下令关闭全印度尼西亚的667所华文中小学，之后，又相继关闭了全国所有的华文报纸和华人社团。成千上万华侨遭洗劫一空后又被关进集中营或监狱，遭受百般虐待，有些则被集体驱逐出境。大批华侨惨遭杀戮，其中有数百人被残忍地挖心碎尸。据不完全统计，先后有20万人惨遭杀戮，约30万人被逮捕监禁。中国政府除进行交涉、抗议和揭露外，于1966年9月开始派船去印度尼西亚接回苏门答腊北部部分受难华侨。但考虑到当时的实际情况和条件，还是采取了多宣传少接回的做法。
