然而到了清朝晚期，由于清政府腐败无能，中国积贫积弱。西方列强趁机入侵中国，掠夺权益，而沙俄则趁火打劫，与清政府签订了许多不平等条约，强占了我国许多领土。
1864年，沙俄强迫清政府签订《中俄勘分西北边记》，割让了新疆西部44万平方公里的领土，其中就包括现今吉尔吉斯的大部分领土。1876年，清朝藩属国浩罕汗国沙俄吞并。至此，原先的中国领土，吉尔吉斯地区全部被沙俄吞并，后来长时间作为俄国的一个自治州。
1936年，吉尔吉斯加入苏联。1991年，苏联解体，吉尔吉斯分离出来，而后宣布独立，成立吉尔吉斯共和国，也就是如今的吉尔吉斯斯坦。
独立后的吉尔吉斯斯坦继承了沙俄侵占我国的部分领土，这样就与我国有了边界争议。
随着我国的高速发展，吉尔吉斯斯坦也本着友好发展的态度，主动与我国商议争议边界问题。最终在2004年，主动归还了中国四块领土，总计1190平方公里。
值得一提的是，吉尔吉尔斯坦的女性非常漂亮，融合了东方人和欧洲人的面孔，有着多位世界小姐。但是吉尔吉斯斯坦的女性却十分喜欢嫁到中国，以嫁给中国男人为荣。原来，由于长期的战争，吉尔吉斯斯坦的男性大减，造成了国内男少女多的局面，女性地位也比较低。
