“汤普森”号的产权属于美国海军（实际上是美国海军研究办公室），这是毫无争议的内容。该船在1990年下水之时，其序列前缀是USNV，即“美国海军船只”，尽管该船从1991年7月交船之时起，其序列就换成了R/V，即“研究船只”，也就是说从性质上，这又是一艘普通的民船。这一点与当年美国海军被朝鲜扣押的“普韦布洛”号属于正牌的USS（美国海军舰船）有着根本的不同。
“普韦布洛”号是不折不扣的间谍船，身份上和“汤普森”完全不同
该船实际操作单位不是美国海军，而是华盛顿大学海洋学院，但有关该船的新闻内容一直会在美国海军官方网站上进行介绍。
今年5月1日，美国海军官网还刊发了“汤普森”号在经过18个月的升级延寿后重新投入使用的消息，而其服务的对象也很明白的是“美国海军和科学研究组织”。对军方来说，这种操作自然是为了加强与大学之间的关系，从而方便与学校展开其他涉及军事内容的合作，对于科考船本身干的活儿有没有军事意义，倒不是特别在意。
对于美国的学术机构来说，和军方联合使用科考船的主要目的是为了省钱。“汤普森”号的大修一共耗资5200万美元，而按照估算，华盛顿大学与美国国家科学基金会如果投资建造一艘新科考船至少需要花费2亿美元。
