2013年9月7日，
方舟子发起活动鼓励网友品尝转基因玉米，
方舟子觉得应当创造条件，
让国人可以天天吃转基因食品。
他看到了，回应说：
“转基因食品，你可以选择吃，
我可以选择不吃。
你可以说你懂“科学”，
我有理由有权利质疑，
你懂的“科学”到底科学不科学。”
两人就这样展开了一场激烈持久的骂战！
他觉得民以食为天，
转基因食品不是完全不能吃，
但是一定要经过检测符合标准，
并且要让消费者知道，
自己购买的商品是不是转基因的。
少数人同意他的观点佩服他的勇气，
大多数人嘲笑他是个愚蠢的“科盲”，
他们觉得小崔已经成了神经病，痛心唏嘘，
高呼“把当初的小崔还给我”！
其实，
他仍然清醒地活着，
他还是当初那个小崔，
初心未改，善良诚实，
他对这个社会，
一直怀着最大的善意。
他联合中国红十字基金会，
共同发起崔永元公益基金，
资助贫困地区基础教育、文化、卫生，
以及我国非物质文化保护现状等等项目。
他持续关注中西部乡村教师，
并开展乡村教师培训项目。
