有科学家指出，高频主动式极光研究计划可以将强大的无线电波聚焦为比核爆能量更大的强波，准确地射向电离层，以巨大的热力撕开电离层，打出一个大洞，藉此影响云层、风向和降雨，让天气发生难以预期的变化，或因为刺激电离层变动引发地震和海啸，甚至改变地球磁场，利用这些方式改变特定区域的天气，制造有利的战场条件，并且给敌方绝对性的打击。25再者，高频主动式极光研究计划可以把高能离子流沿着当地的地磁力线发射出去，藉由回旋振荡加热的方式使气体电离，当带电离子的密度达到一定程度时就转变为等离子体，这种等离子体能够在太空形成自然屏障，并干扰和破坏敌人的通讯，或用来侦测他国军事基地和设施的位置，也可以作为电磁武器，用来攻击敌方的飞弹、卫星、飞机等目标，在巨大的超重压差和惯性影响之下，目标物在0.1秒内就会被摧毁。
其次，高频主动式极光研究计划所发射的载波的频率范围是2.8~10兆赫，发射到电离层之后可以影响在电离层流动的电流（称为电喷流，在极地的电喷流称为极光电喷流），透过极光电喷流的控制能够产生能量极强的电磁波，高频可达几百万赫，低频在0~1，000赫之间。当电磁波和人类大脑频率一致（0.5~40赫），就可以产生控制意识和影响情绪的效果。若低频电磁波的频率控制在60赫，甚至可能破坏人体内负责引导生物发育与生命机能运作的脱氧核糖核酸（deoxyribonucleicacid，DNA），造成身体的严重伤害。1994年，美国高频主动式极光研究计划主持人Bernard Eastlund向国防部提交的报告指出，高频主动式极光研究计划除了可以为美军潜舰提供先进和便捷的通讯系统之外，还能够侦察敌人的地下核试验情况、追踪超低空飞行的巡弋飞弹和敌方战机、利用高频波摧毁敌人的电力和通讯，甚至可能改变特定区域的气候，破坏敌人的作战能力。
