然而，麦金莱气候实验室的最终目标是开发气象武器，美军所使用的气象武器有7成以上都是由这个实验室所研发，美军在越战期间对北越军队在胡志明小径所进行的气象战，正是麦金莱气候实验室的研究成果。此外，英国《焦点》月刊报导，美国军方曾经透过麦金莱气候实验室，秘密进行过数十个气象研究计划，包括制造地震的「阿尔戈斯计划」、制造飓风的「烈风计划」、利用雷射制造雷电的「天火计划」，以及在飓风周围实施人工降雨以改变风暴方向的「暴风雨计划」等。
（二）高频主动式极光研究计划是一个由美国空军、海军、国防先进研究计划署（DARPA），以及阿拉斯加大学共同合作的电离层研究计划，计划早在1990年代就开始构想和筹备，但基础工程直到2003年完成，2005年正式展开实验。基地设于阿拉斯加加科纳（Gakona）军事基地之内，占地超过30英亩。高频主动式极光研究计划的核心设备由360个发电机和180座超过10公尺高的天线所构成的金属方阵所组成，可以将360万瓦功率的无线电波（相当于目前世界上最大商用电台功率的72，000倍），发射至离地表100到350公里的电离层指定位置，透过加热提高电子活动的速度，并且改变电离层结构，达到操控气象条件的效果。其他重要设备包括电离层研究仪、超高频雷达、磁通门磁力仪、电离层探测仪、电磁感应仪等。
根据美国官方说法，高频主动式极光研究计划只限于纯粹的科学研究，是为了解如何改变电离层结构修补臭氧层，并探索新的核子潜舰通讯方式。不过，许多科学家和国家政府怀疑高频主动式极光研究计划的用意并不单纯，这项计划是美国为了进行气象战所进行的研究。
