医疗卫生、财务制度、军服、物资供应、总后机构……邱会作做了一系列的修改调整，还有完成选择后方基地、战马生产等任务。三年饥荒时期，邱会作配合国务院的工作，调拨军队储备粮救济各省。他还秘密造访地方视察灾情，留下了生动的记录。在广西横县，县委书记已经躺在床上起不来，只会流泪示意，直到吃了邱会作一行带来的粮食后，方才能坐起来交谈。
困难形势下，全军只好开展生产救荒，并取得了效果，但邱会作也受到不少指责，如与民争利、破坏资源、生活改善会影响训练、出生产事故等等。熬过困难期后，又开始大力建设国防，到了1962年，则是全面备战。邱会作的最大任务是要准备300万军队作战一年所需的物资，他耗时6年完成。
此后，波及党政军高层的政治运动一波波卷来。先是罗瑞卿被打倒了，紧接着是“文革”爆发，邱会作被总后的造反派“红纵”揪斗一番，后得到林彪和周恩来的保护而脱险。随着林彪地位的升高，邱会作作为亲信自然步步高升，他在1967年成为中央军委办事组成员，直至林彪事件。
林彪集团和“四人帮”一起公审时，邱会作的罪名是跟随林彪从事反革命活动并迫害他人。邱会作不承认这些，他始终认为自己是无辜的，林彪是清白的。这样的理念一直伴随他度完余生。当他下葬到故乡兴国县后，一块石牌上刻着周恩来在1967年3月30日《在总后干部大会上的讲话》，周恩来称赞他是“称职的后勤部长和坚定的老红军”。
2002年8月5日，邱会作的追悼会在北京八宝山低调举行，官方没有以“同志”称呼。历尽荣辱盛衰，一代风云人物就此化作历史。
大家都知道，周恩来是天生的总理，放在古代就是天生的宰相，事无巨细，都处理得井井有条，真正做到了“治大国如烹小鲜”。
在中国人的印象中，周恩来的总理地位是无人能替代的。但在周总理自己心里，却有一个人能接替他的位置。
