长征开始，邱会作主管供给部队的行军，虽不需要冲锋陷阵，但负重翻山越岭不是容易的差事。沉重的负担让运输部队苦不堪言，最终中央同意轻装行军。邱会作因工作表现突出，被任命为军委四局三科科长。四局主管军务、行政和军委直属队的行政、供给、卫生等工作。
有一件事让邱会作津津乐道，到陕西哈达铺时，邱会作给毛泽东送上了一堆过期报纸。毛泽东正是从这里发现陕北有刘志丹红军活动的信息，这可视为改变历史方向的偶然事件。
红军到达陕北后，邱会作任苏维埃中央政府西北办事处粮食部供应局长，为东征做准备。抗战爆发后，他先后担任中央军委供给部副部长、部长。这是一段艰苦的岁月，大军云集在土地贫瘠的陕北，吃饭和穿衣成为迫在眉睫的两大难题。
邱会作及后勤同事们想方设法多方经营，也只能让大家吃个半饱，最后靠两种解决方法并行：军队开展生产，从延安分流更多人去各根据地。邱会作本人也被派往胶东，后改为豫皖苏新四军根据地。他于1943年受令回延安培训，在安徽到延安的路上跋涉了13个月，导致错过了延安整风。
抗战结束后，邱会作被派往热河，随后转战东北，任八纵政委，军队改番号后任第四野战军45军政委。之后的履历便是辽西会战、平津会战、衡宝战役。
从高处跌落
邱会作没有参加朝鲜战争，而朝鲜战争对于中共军队的现代化水平提升是一次重要学习机会。尤其是后勤工作，这是解放军首次走出国门作战，无法有效依仗就地征收和民工运输的两大法宝。邱会作在1954年重返后勤战线，从广州调往北京。
在全军现代化建设的草创阶段，邱会作面临的困难很多。国家经济实力的虚弱，使得主管物资分配的总后因为手头匮乏而很难处理好各部队提出的要求，挨骂成为常事。同时，很多功勋卓著的战将们以内战时期的经验，认定后勤不过是管柴米油盐的，只有看病需要点技术。因此，很多退居下来的人被塞入总后任闲职。邱会作一方面要在一片空领域里规划建设框架，一方面要处理好复杂的人际关系，凭这点来看，他是一个非常精细能干的人，因为任何改革都是触动特定群体利益的事。
