戒严令宣布之后，许多山区村落的居民遇害。不只是山区部落，连住在海岸边村落的零散居民，也以提供武装队协助的理由而被处死。结果，为了保命而逃入山中的难民更为增加，他们在寒冬躲在汉拏山中，被抓到的话，不是遭射杀就是送到监狱。镇压军警甚至将家中有人不在者列为“逃避者家属”，而对他们的父母与兄弟姊妹施以“代杀”的残忍替代手法。
据估计，约1万4千人至6万人在武力冲突和镇压过程中被杀。韩国政*府2003年10月15日认可了《济州4·3事件真相调查报告书》，承认截止1954年9月21日解除戒严，有3万余名无辜人员牺牲。韩国政*府43事件国家真相调查委员会实际登记有案的受害者人数为14，373人，但据信包含未确认与未纪录的人数总计约为25000~30000人之间，此数字是根据委员会资讯与事件之前与之后的人口数字统计。
而济州岛民则认为可能有多至4万人遇害。另一方面，该事件也导致近4000多名的济州岛民逃往日本避难，其后裔多散居在日本的关西地区。肃清造成了济州岛民人数从原先的28万人急剧下降至只有3万人。XLW
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