这期间，日本政府还修正《预防接种法》，并建立相关救济制度。一旦发生疫苗事故，先明确“结果责任原则”，地方政府立即成立预防接种健康受害调查委员会，收集相关信息。如判定是疫苗本身存在问题导致事故，政府部门负担受害者的医疗费、补助费：导致残疾的，对未满18岁的人员发放残障儿养育年金，对18岁以上的人员发放残障年金;造成死亡的，政府需要负担丧葬费等。
“我在日本带小孩打疫苗好像不用担心什么，对疫苗的安全性也没有过任何怀疑。”一位旅居日本的华人女性告诉记者。在日本，给小孩使用的疫苗基本上都是国产的，一些私人诊所也使用进口疫苗。当国产疫苗不够的情况下，日本民众才使用进口疫苗，如风疹疫苗，不仅小孩注射，有些大人也希望注射。在这种情况下，定期接种的小孩优先用国产疫苗，大人用进口疫苗。
日本还有疫苗监管制度，有专门的《药事法》来监管疫苗生产厂家。日本厚生劳动省指定相关检验机构对疫苗的有效性、安全性进行严格检查，任何一种疫苗都要经历开发、审查、认可之后才能进入生产和接种阶段。这些检验机构主要由政府主管的药事食品卫生审议会、医药品医疗机器综合机构、国立感染症研究所等组成。
在日本，研发、生产疫苗的机构和厂家屈指可数，如北里研究所、武田药品工业、化学及血清疗法研究所、阪大微生物病研究会等。2015年获得诺贝尔生理学或医学奖的大村智博士就是北里研究所的特别名誉教授。
