即使是战机发生意外，也会有自毁装置自动炸毁核心设备，以防落入敌人手里构成泄密。
某型号敌我识别器的询问机和应答机
因为一旦己方机载敌我识别系统的秘密被敌方掌握，那么，轻则是在日常训练中被敌方秘密监控而不自知，重则是战时自己被敌人跟踪或击落都不知道，最终的结果就是战争的被动或失败。
当然，还有另外的结果，那就是自己的战机在意想不到的情况下，击落或者攻击己方的目标。比如在1994年4月，美军两架F-15C战斗机在巡逻为伊拉克划设的禁飞区时，发现两架直升机在低空飞行，但机载敌我识别器的询问没有得到回答，因此F-15C战斗机飞行员判断为伊拉克直升机，就发射导弹将它们击落了。
事后得知，这是两架载着联合国工作人员在伊拉克禁飞区低空飞行的美军“黑鹰”直升机，这次事故导致两架直升机上的26名乘员全部丧生。
